An der Neuen Schule Wolfsburg kann aus den folgenden Schwerpunkten gewählt werden:

• sprachlicher Schwerpunkt
• musisch-künstlerischer Schwerpunkt 
• gesellschaftswissenschaftlicher Schwerpunkt 
• mathematisch-naturwissenschaftlicher Schwerpunkt 
• technischer Schwerpunkt (Die Neue Schule Wolfsburg bietet diesen Schwerpunkt als einzige allgemeinbildende Schule in Niedersachsen an.)

In der Einführungsphase findet der Unterricht überwiegend im Klassenverband statt, nachdem die Klassen mit dem Beginn des Jahrgangs 11 neu zusammengesetzt werden. Dies dient insbesondere dazu, neu in den Jahrgang hinzu gekommene Schülerinnen und Schüler schnell zu integrieren; außerdem haben die Jugendlichen damit die Möglichkeit, sich innerhalb des Jahrganges besser kennenzulernen. Kooperative Lernformen und das soziale Miteinander in unterrichtlichen und außerunterrichtlichen Lernsituationen haben weiterhin einen hohen Stellenwert. Auch die übersichtliche Klassenstärke wird aus der Sekundarstufe I fortgeführt.

Die Einführungsphase festigt, erweitert und differenziert die Kompetenzen aus der Sekundarstufe I aus. Sie stellt somit die Basis für einen erfolgreichen Besuch der Qualifikationsphase dar.

Nach der Einführungsphase folgt die zweijährige Qualifikationsphase. An die Stelle des Klassenverbandes tritt ein System von schwerpunktbezogenen Fachkombinationen und Kursen. Innerhalb einer breiten und vertieften Allgemeinbildung findet mit der Wahl eines fachbezogenen Schwerpunkts und der Abiturprüfungsfächer eine Spezialisierung des eigenen Bildungsweges statt, die im besten Fall den eigenen Neigungen und Stärken entspricht. Hierbei wird ein wissenschaftspropädeutisches Lernen angestrebt, das Raum für Individualisierung sowie Kooperation lässt.

An die Stelle der Klassenlehrkräfte treten in der Qualifikationsphase die Tutor*innen. Dabei handelt es sich jeweils um eine Kurslehrkraft, die in einem Kurs auf erhöhtem Anforderungsniveau und somit ihre Tutand*innen mindestens fünf Wochenstunden unterrichtet. Eine enge Schüler*innen- und Lehrer*innen-Kooperation wird dadurch weiterführend forciert und gefördert.